許多產婦也都認為，自然分娩既然是一種推崇的安全健康生產方式，那么就應該沒有任何缺點的。專家表示，自然分娩也有著缺點與危險性。
1、自然分娩有持久陣痛
自然分娩的缺點首先就是陣痛。這種產前到生產的持久陣痛，是許多產婦選擇剖宮產的首要原因。其次是可能會有骨盆腔子宮膀胱脫垂的后遺癥。會陰的裂傷和陰道的裂傷也是常見的。一般在生產過程中會陰一定會裂開的，會陰的裂痕程度可分為四級：
第一級別是輕微裂傷，比較少見與初次生產的產婦，大多是經驗豐富的產婦。
第二級是中度裂傷，大部分的孕婦都屬于此類型，一般縫合上就不會有問題。
第三級別是肛門括約肌斷掉，如不修補的話就會造成以后的大便失禁。
第四級別是肛門也裂開，通常發生在生小孩體重較大時，不過經仔細的縫合，大部分的產婦不會留有任何的后遺癥。
2、自然分娩會傷害到會陰組織
自然分娩會傷害到會陰組織，因此會造成感染，或者是外陰血腫等情況。產后還可能會因子宮收縮不好而造成出血，如產后出血得不到控制，就需要緊急采取剖宮產處理，嚴重者會需要切除子宮，甚至危及生命。同時產后感染也是比較容易發生的，尤其是早期破水，產程延長者。
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